Riêng nhóm ngành công nghiệp chế biến chế tạo chiếm đến 25,07% tổng cơ cấu GRDP, cao nhất trong nền kinh tế và giữ khoảng cách khá xa so với nhóm ngành ở vị trí thứ hai là ngành bán buôn, bán lẻ và sửa chữa (16,42%).
Ngành công nghiệp chế biến nông - thủy sản đóng góp cho 70% kim ngạch xuất khẩu hàng hóa của thành phố và là một mắt xích quan trọng trong chuỗi cung ứng các mặt hàng nông - thủy sản chủ lực của vùng ĐBSCL.
Chất lượng tăng trưởng của khu vực II đạt cao hơn chất lượng tăng trưởng của cả nền kinh tế, với đóng góp của TFP (tốc độ tăng năng suất yếu tố tổng hợp) lên đến 40,88% giai đoạn 2013 - 2018, trong khi TFP của cả nền kinh tế là 20,06%. Hiện tại, Cần Thơ đang có GRDP khu vực II đứng thứ 2 ĐBSCL (sau Long An).
Tuy nhiên, Cần Thơ cũng nhìn nhận thành phố chưa thực sự trở thành trung tâm công nghiệp lớn có sức cạnh tranh cao của vùng ĐBSCL; tỷ trọng đóng góp của ngành công nghiệp thành phố cho vùng chưa cao, công nghiệp hỗ trợ còn chiếm tỷ lệ thấp; tỷ lệ sản phẩm có giá trị gia tăng, có hàm lượng công nghệ cao còn thấp.
Việc phát triển các khu công nghiệp, cụm công nghiệp còn gặp nhiều khó khăn về đất đai, xây dựng cơ sở hạ tầng, thu hút doanh nghiệp quy mô lớn; thành phố hiện chưa có khu công nghiệp chuyên ngành và khu công nghiệp công nghệ cao.
Quy mô doanh nghiệp trong lĩnh vực công nghiệp của thành phố có đến 96% là doanh nghiệp vừa, nhỏ và siêu nhỏ, trong đó doanh nghiệp siêu nhỏ là 57%. Ngoài ra, Cần Thơ có số dự án FDI thấp so với các thành phố trực thuộc trung ương.
Theo đó, giai đoạn 2021- 2025, Cần Thơ tập trung phát triển công nghiệp chế biến, bảo quản thủy sản và các sản phẩm từ thủy sản, nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, tổng vốn đầu tư 75.000-80.000 tỷ đồng; con số này của giai đoạn 2026-2030 là từ 90.000 - 100.000 tỷ đồng. Như vậy, giai đoạn 2021-2030, Cần Thơ đầu tư 160.000 – 180.000 tỷ đồng phát triển công nghiệp.
Giai đoạn 2021 - 2025, Cần Thơ tập trung phát triển CN chế biến, bảo quản thủy sản và các sản phẩm từ thủy sản, nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao. Tổng vốn đầu tư trong giai đoạn này là 75.000 - 80.000 tỷ đồng, bao gồm: Vốn ngân sách 13.500 - 17.600 tỷ đồng; vốn từ DN tư nhân và dân cư 11.250 - 14.400 tỷ đồng; vốn tín dụng, đầu tư 11.250 - 16.000 tỷ đồng; vốn hợp tác bên ngoài (DN nhà nước, DN ngoài nhà nước, FDI) 33.750 - 44.000 tỷ đồng.
Giai đoạn 2026 - 2030, tiếp tục phát triển các ngành CN chủ lực và ưu tiên phát triển các ngành, sản phẩm CN hiện đại, chuyên môn hóa cao. Tổng vốn đầu tư 90.000 - 100.000 tỷ đồng, bao gồm: vốn ngân sách 13.500 - 20.000 tỷ đồng; vốn từ DN tư nhân và dân cư 16.200-20.000 tỷ đồng; vốn tín dụng, đầu tư 13.500 - 20.000 tỷ đồng; vốn hợp tác bên ngoài (DN nhà nước, DN ngoài nhà nước, FDI) 40.500 - 55.000 tỷ đồng.
Thành phố xác định công nghiệp có vai trò quan trọng trong phát triển kinh tế. Trong 15 năm qua, tỷ trọng của khu vực II (công nghiệp và xây dựng) luôn duy trì ở mức trên 30% trong tổng cơ cấu GRDP.